辦公室（黨委辦公室）。擬訂本單位綜合工作制度、年度工作計劃、稅收宣傳工作規劃和年度采購計劃；貫徹落實本單位預決算管理、基建管理、會計核算管理、財務內控管理和政府采購、資產管理等規章、制度，擬訂具體實施辦法；審核匯編部門預算、決算,組織實施部門決算執行和公開工作；承擔公文處理、會務管理、信息調研、檔案管理、機要保密、來信來訪、值班值守、國家安全、人事教育、機構編制、公務員管理、干部考核、檔案管理等工作；組織實施政務公開、政府信息公開、稅收宣傳、涉稅輿情工作；組織實施督查督辦、會計核算、會計基礎規范、國庫集中收付工作；組織辦理人大代表議案、建議和政協委員提案；承辦黨委文件、會議、督辦等有關日常綜合性事務。承擔績效管理和數字人事管理工作；承擔本單位網站、微信、微博、客戶端等管理工作；承擔外事管理，辦理出國政審事項；承擔稅務著裝管理工作；承擔本單位財務管理工作；組織實施基建項目管理。承擔機關和派出機構老干部工作；承擔機關后勤事務的管理、保障和服務工作。

       法制科。組織實施依法行政、普法、內部控制和推進自由貿易港建設工作；承擔重大執法決定法制審核工作；組織協調重大稅務案件審理；組織辦理行政復議、行政訴訟等事項；組織辦理涉稅反補貼案件應對工作；承擔公職律師和法律顧問相關工作。組織實施稅收執法督察，開展稅（費）法律政策執行情況的監督檢查；組織實施本單位稅收執法責任制工作；督促落實督察審計發現問題的整改工作；協調配合外部監督和上級監督；參與實施“一案雙查”工作。

       稅政科。承擔組織實施各稅種和進出口稅收、非居民所得居民境外所得的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；承擔相關稅種和進出口稅收具體業務問題的解釋和處理；組織落實相關稅種的稅收優惠政策；承擔增值稅發票管理，組織相關信息系統的推廣應用及管理；組織落實相關稅種和進出口稅收的日常管理、日常檢查；參與相關稅種和進出口稅收、國際稅收的風險管理和納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作；組織實施反避稅工作；組織實施稅收服務“一帶一路”建設工作；承擔外事管理。

       社會保險費和非稅收入科。組織實施社會保險費和有關非稅收入的征收管理工作，研究擬定具體實施辦法；組織落實社會保險費和有關非稅收入的日常管理、日常檢查工作；參與社會保險費和有關非稅收入征收的政策輔導、咨詢服務、法律救濟等工作。

       征收管理科。組織落實綜合性稅收征管法律、法規、規章及規范性文件，擬訂具體操作辦法；組織實施稅務登記、納稅申報、普通發票管理、納稅服務等日常征管工作；負責征管質量監控評價；組織落實信息化規劃、方案和制度，實施本單位信息化建設、考核評價和驗收工作；承擔稅務行業標準和業務需求管理；承擔信息化立項和預算管理。組織開展面向納稅人和繳費人的稅法宣傳、納稅輔導、咨詢服務、辦稅服務和權益保護等工作；承擔辦稅服務廳、納稅服務熱線等面向納稅人和繳費人的服務渠道管理；承擔稅收信用體系建設；組織辦理納稅服務投訴；落實涉稅專業服務監管政策及制度，統籌協調社會化納稅服務。承辦國家稅務總局、海南省稅務局下發風險應對任務的整合和推送；承擔本單位稅收風險管理模型構建、分析識別、任務推送、監控評價結果反饋等工作；承擔各類稅收數據、社會保險費和有關非稅收入數據的集中管理、質量控制、分析應用、共享交換及稅務云平臺管理等事項；組織、考核本單位風險管理工作。

        收入核算和稅收經濟分析科。研究擬訂本單位稅收、社會保險費和有關非稅收入中長期規劃，參與擬訂稅收、社會保險費和有關非稅收入預算目標并依法組織實施；組織落實免抵調庫年度安排；統籌協調組織收入工作。組織開展本單位稅收經濟分析工作，運用稅收數據對本地區經濟運行情況開展動態監控分析；開展收入預測分析、預警分析和收入質量管理；承擔重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；組織落實會統核算、繳庫退庫、票證管理等制度，實施會計監督。

        機關黨委（黨建工作科）。協助本單位黨委落實全面從嚴治黨主體責任；督促本單位黨組織落實管黨治黨責任，統籌和落實本單位黨群工作，宣傳和執行黨的路線方針政策；統籌本單位思想政治建設、意識形態建設、稅務文化建設、精神文明建設和統戰工作；配合實施巡察工作。

        黨委紀檢組。負責機關和派出機構黨的紀律檢查工作，組織開展本單位黨的紀律檢查工作。